Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D Season 3มาพร้อมกับเรื่องราวน่าติดตามของหน่วยงานต่อต้านภัยเหนือธรรมชาติสำหรับเรื่องราวของ Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D ซีซั่น 3จะว่าด้วยเหตุการณ์หลังการต่อสู้ปะทะอย่างดุเดือดกับเจียหยิง (Jiaying)ซึ่งเป็นแม่ของสกาย (เจ้าหน้าที่เดซี จอห์นสัน) และภรรยาของ แคล (CalvinZabo) พร้อมด้วยกองทัพ Inhuman ทำให้เจ้าหน้าที่โคลสัน และ เจ้าหน้าที่เดซีจอห์นสัน พร้อมด้วยทีม S.H.I.E.L.Dจำต้องออกตามหามนุษย์ผู้มีพลังพิเศษเข้ามาร่วมทีมมากขึ้นแต่พวกเขาก็ได้รับรู้ว่า ยังมีคนกลุ่มอื่นอีกที่ต้องการตามหาตัวมนุษย์พิเศษ Inhuman เหล่านี้เช่นกัน